“暗号”是地下组织和谍报机关经常用到的一种东西，为了区分敌友关系而采用的一种手段。在海贼王也是有像cp组织这样的谍报机关和潜伏者的存在，这样难免就会用到特殊的暗号，当时有时为了应对突发事件也会用的暗号来保护自己和对方。像剧中就提到了4种暗号：
1，x形标记暗号
这个暗号是在阿拉巴斯坦时草帽一伙为了应对冯克雷的模仿果实而采用的标记暗号。在胳膊上缠上绷带代表是自己人，
在缠绷带的手臂下画上x型标记代表同伴之间的羁绊，采用了双重保险的形式。
2，3d2y数字型标记暗号
大事件结束后，路飞再次来到马林梵多，这次来有两个目的，一个是祭奠艾斯，另一个是给伙伴们传达这个暗号。而这个暗号是只有他们一伙人才能看的懂的，本来约定的是3天候在集结。顶上战争让路飞看到了世界的强大，以当前的实力他们还无法进入新世界，于是由原来的3天改为了2年后再见。
3，战国和柯拉松的暗号
柯拉松是明哥的亲弟弟，在目睹明哥手刃亲父之后就离开了明哥，之后被战国收养并培养成了一名海军。明哥在建成海贼团后柯拉松为了阻止明哥的暴行，自愿卧底到明哥家族。他与战国之间都是单线联系也有他们的代号，战国代号是大仙贝，柯拉松的是小米果。
4，罗宾和乔巴的暗号
乔巴有个忠实的粉丝是福克西的船员波琪，她对乔巴甚是喜欢，见到乔巴就想抱在怀里。而乔巴并不是很喜欢她，在某次为了躲避她是藏在了一个木桶里，并且跟罗宾有个特别的暗号。先是有节奏的敲木桶三下，然后在说出“natrium”这个词。
这个暗号实在是让人费解，按照英文单词的翻译来看是“钠”的意思，再加上前奏，实在是搞不懂是什么情况了。这个词可能对他两来说有某种小秘密的存在。