草帽一伙终于来到了伟大航路，遇到了从前海贼王罗杰的船医以及一直等待伙伴归来的大鲸鱼拉布。抓住了两名以数字为代号的奇葩组合，并获得了永久指针，继续航行。而伟大航线上变幻莫测的天气以及随时出现的恐怖海兽，也带来了巨大的阻碍。
之后，在威士忌山，遇到了埋伏在此的巴洛克组织。索隆初露锋芒，完成了“百人斩”，并救下了阿拉巴斯坦的公主薇薇，并牵扯出巴洛克组织的幕后主人，王下七武海之一的鳄鱼，开启了小的主线剧情，拯救阿拉巴斯坦。
之后，一行人又来到了远古岛屿“小花园”，结识了两位巨人族的首领，并击败了巴洛克的部分成员之后，继续上路。
中途，由于娜美生病且病情严重，草帽一伙放弃了直接前往阿拉巴斯坦，而是先去了磁鼓岛为娜美治病。经历了许多挑战之后，成功治好了娜美，并得到了新的伙伴船医乔巴，众人启程前往阿拉巴斯坦。