到19世纪30年代，在玻利维亚政治中很活跃的秘鲁领导人加马拉制造了很多混乱，以及利马衰弱无力且危机四伏的萨拉韦里政权，给圣克鲁斯和他在两个国家的追随者们提供了在秘鲁建立新政权的借口。年6月，在地方派系之争中有人邀请玻利维亚军队进驻秘鲁。到8月份，玻利维亚军队击败了加马拉军队，经过一系列战役之后，萨拉韦里在年1月最后被打败并被处决。
基于这点，圣克鲁斯决定把秘鲁重新组建成两个自治国家，即北秘鲁和南秘鲁，并且与玻利维亚联合成为秘鲁玻利维亚联邦。在他自称为护国主以后，他巧妙地操纵所有地方组织都支持他的这种统一思想。这个联邦政府最终在年10月成立。然而，正是由于他的政治活动过于精明，圣克鲁斯仅仅在玻利维亚及秘鲁南部掌控了实权，并且在秘鲁南部他还面临着加马拉的不断对抗。
无论还存在什么问题，毫无疑问，这个联邦政府为秘鲁带来了和平以及太平洋沿岸各地区的对它权力的尊敬。尽管当时秘鲁的人口只比玻利维亚多一点，拥有万人口，秘鲁的资源却要丰富得多。与玻利维亚不同，秘鲁有强有力的多元化的地方经济和强大的本土制造业，同时还拥有大量的相对容易开采的自然资源，这些资源能够迅速被开采并出口到世界市场上。与稳定的不景气的玻利维亚经济相反，秘鲁能够更容易地发展经济，这种发展势头蓄势待发。当然，要振兴这个国家的经济，就必须有稳定的政治体系和可以控制并可靠的政府机构。
这种形式对于圣克鲁斯来说是理想的，他的声望是建立在他出色的行政管理技巧基础之上的。他很快为新政府制定了民事和商业法典，包括经济普查，重新组建海关，实行保护关税，重组政府机构并为其筹集资金。军队也迅速获得了资金和支持，并成为国家的主要支撑力量。不幸的是，对于圣克鲁斯来说，他使秘鲁成为一个强大国家的潜意识也被智利人发现了。智利人将他们自己的领土扩张视为北进运动，即向太平洋沿岸有争议领土的扩张。
同时为了争夺欧洲市场，他们同秘鲁在激烈竞争。因此，他们不能接收圣克鲁斯领导下的复苏的秘鲁。结果，智利积极支持秘鲁的反叛政客们，不仅给他们提供武力支持，还把他们运送回秘鲁。他们还把自己的军队“伪装”成秘鲁叛军，并大肆宣称要通过不断的袭击击败圣克鲁斯。由智利人发动的俊略和随之而来的造反起义，最终削弱了联邦政府。
虽然圣克鲁斯获取了一些重要战役的胜利，长期的征战仍然为他敲响了丧钟。到年，智利人对秘鲁发动了连续作战，年1月，在利马附近的一次大战中，智利军队结束了联邦政府和杰出的圣克鲁斯的政治生涯。圣克鲁斯被迫逃亡到厄瓜多尔，他也不得不同时放弃了在玻利维亚政府的领导权，因此他的地方代表何寨·米古耶尔·雄拉斯科将军接管了新的独立国家。但是维拉斯科政府面临着困境。
以前的支持者对圣克鲁斯充满了仇恨，并没收了他所有的个人财产。但是维拉斯科很快发现自己面临着另一个敌人，圣克鲁斯手下的另一个将军，何塞·巴利维安，巴利维安对新政府发动了几次起义。维拉斯科能够实施一些改革政策，重新制定宪法来巩固自己的统治，甚至把丘基萨卡重新命名为苏克雷。但是他无法稳定政治局势。最终，他在位两年后，年6月，一次拥护圣克鲁斯的起义结束了他的统治。
人们认为，玻利维亚政府的覆灭并不是当代国际政治中的一次地方事件。自从圣克鲁斯失败后，利马政府便在它最早的敌人加马拉的掌控之中。秘鲁、智利甚至阿根廷都密切