水晶是石英族中最常见的宝石品种。依据颜色，可将水晶划分成不同的品种：紫晶、黄晶、绿水晶、烟晶、芙蓉石等；依据特殊的光学效应，又可将其划分为星光水晶、石英猫眼；依据包体特征：发晶。
一、依据颜色分类：
紫晶
紫晶是石英族宝石中最具有宝石价值的一种，颜色从浅紫色到深紫色。紫晶是二月生辰石，由于紫水晶葡萄酒般的颜色，希腊神话将这种宝石与酒神联系起来。其名字“Amethyst”就源于希腊语Amethystos，有“不醉酒”的含义，被认为具有防醉酒的功能。另外，人们还认为佩戴紫水晶可以让人保持头脑清醒、机智灵敏。
黄晶
天然的黄晶比紫晶还少见，颜色为浅黄至深黄色，有时也带有其他色调，如绿色调、褐色调等。市场上的大部分黄晶是紫晶经热处理而形成的。另外，具有类似柠檬颜色的黄晶是无色水晶经过辐照，再加热而形成的。因颜色，其被认为具有招财的作用。
紫晶、黄晶中有一个特殊的品种——紫黄晶。其由紫色和黄色两种颜色构成。紫色和黄色形成色斑或色块，有时形成与生长区相关的色区。天然的紫黄水晶只产于玻利维亚。
绿水晶
一种非常罕见的浅绿至苹果绿色的水晶。自然界非常的稀少，主要产地有美国、加拿大。市场上大部分的绿水晶是某些产地的紫水晶在加热成黄水晶过程中出现的一种中间产物。另外，辐照也可以产生绿水晶。
烟晶
一种烟色至棕褐色的水晶，也称“茶晶”。颜色不均匀；含有丰富的气液包体和金红石包体。烟晶加热后可变成无色水晶。其沉稳的颜色，使烟晶成为坚毅、安泰的象征。
芙蓉石
具有完整晶面和规则形态的单晶体少见，通常为块状；在部分情况下，芙蓉石内可含有针状金红石包体，因而磨制成弧面宝石可显示出星光。由于金红石细小，芙蓉石有一定透明度，可显示透射星光。芙蓉石的颜色不太稳定，加热可褪色；长时间日晒，颜色会变淡。芙蓉石，又被称为“爱情之石”，人们相信佩戴它可以拥有美好的恋情。
二、依据特殊的光学效应可分为：
石英猫眼
当水晶中含有大量平行排列的纤维状包体，其弧面形宝石表面可显示猫眼效应。
星光水晶
当水晶中含有两组以上定向排列的针状、纤维状包体时，其弧面形宝石表面可显示星光效应，一般为六射星光，也可具四射星光。
三、依据包体特征：
发晶
水晶晶体中可含有纤维状、针状、丝状、放射状的金红石、电气石、角闪石、阳起石、绿帘石等固态包体，这些包体常呈细小的针状、纤维状，定向排列，犹如发丝，传统上把这类水晶称为发晶。包体的颜色不同，所形成的发晶也不尽相同。
除以上这些品种外，在市场中，还会根据发晶的发丝大小、包裹体的类型、集合体形态等进一步的分类，例如幽灵水晶、兔毛水晶、幻影水晶、双头水晶等，这些商业分类名称并不能作为定名出现在证书中。
需要注意的是，对于水晶来说，热处理与辐照处理都属于优化，在定名中并不予以体现。另外，水晶的品种很多，在购买水晶的时候，要注意是否为合成水晶，是否经过充填与染色。以及是否为相似宝玉石。建议消费者在购买的时候向卖家索要权威鉴定机构出具的证书，以维护自身合法权益。
来源：国检中心NGTC陕西实验室