从蒂亚瓦纳科扩张时期衰落起，直到印加王朝开始的年，在这段时间里发生过什么事情,现在只有神话和传说可以稽考。多数历史学家同意这样的说法，艾马拉语族在蒂亚瓦纳科帝国衰亡之后还维持着貌似文明的状态。有些人认为，艾马拉语族的一些部落曾北上移居到库斯科。几个世纪以后，他们又作为克丘亚语族的征服者重新出现。不过这种说法似乎不足为信。理由有两个，第一库斯科作为一个小部落的首都，时间是在十一世纪，第二在秘鲁说克丘亚语的印第安人侵占的的喀喀湖，似乎是在公元年左右，到年就控制了今天玻利维亚的整个地区。
关于公元年一年这段时间所发生的事，十七世纪早期的耶稣会历史学家费尔南多蒙特西诺斯神甫提出了另一种看法。他写道，有一个皮鲁阿王朝在高原上统治过很多世纪，但是最后被一些来自巴西和查科的侵略高原的野蛮人所推翻。皮鲁阿人只在阿普里马克河谷保留下一个小据点。就在这里，经过多年的无*府状态之后，出现了新的印加帝国。现在的玻利维亚历史学家何塞德梅萨和特雷莎希斯维特德梅萨，参照以前的编年史学家们的观点，提出了一个稍欠生动但较为准确的说法。他们声称，在蒂亚瓦纳科帝国末期，说艾马拉语的一些民族成了统治势力。他们把自己的语言和宗教强加给高原上的查尔卡斯、乌罗、塔帕卡里和卡兰加斯等部落。他们的*治机构称为科拉苏约，统辖着现在的拉巴斯、科恰班巴、普诺、阿雷基帕和奥鲁罗几个省。
最早定居在的的喀喀湖周围的艾马拉人，从未形成为国家，因为他们的社会组织是建立在氏族基础之上的。这种扩大了的家庭关系叫做艾柳。艾柳还不能成为巩固王朝*权的强有力的基础。在艾柳巩固起来之后所形成的村镇叫做玛尔卡。他们居住在高原，或称科拉。经过一段时间，最早的那位叫做马尔库斯阿普维尔卡斯的科拉国王可能把各个玛尔卡联合起来，成了一个新王国的基础。很明显，他是蒂亚瓦纳科最后一个统治者的后裔，那位最后统治者过于软弱无能，以致在历史上没有留下任何事迹。马尔库斯阿普维尔卡斯，同以后继承他的那些早期国王们一样，与其说是统治者，倒不如说是传教士。蒂亚瓦纳科是他的首都，对他的人民来说很可能也是宗教上的麦加。
马尔库卡卡帕拉王朝征服了马尔库斯阿普维尔卡斯的后裔，并且将其土地夺为己有。他们的名字的含义是“金发人”。关于白皮肤金头发人的传说，就是从这支血统的国王们那里流传来的。这种传说在许多印加神话里可以见到。在马尔库卡卡帕拉王朝时期，没有修建大的建筑奇迹或金字塔。它的国王们似乎是忙于修建堡垒以保卫他们已经占据的土地。在这类建筑物上以及在他们为接力信使修盖的驿站房屋上，他们抄袭蒂亚瓦纳科的装饰花样和艺术主题。
在此以后居于统治地位的氏族是伊拉斯。这一氏族的第一个国王把首都从蒂亚瓦纳科迁到卡拉科托，这是德萨瓜德罗河岸的一个小城镇，位于的的喀喀湖南面大约二十五哩。据说，第二个国王(可能叫基普伊拉)是结绳记事的发明者，这种记事法称为“基普”。后来，印加人用这种办法记账统计人口，甚至记载他们的历史传说。这一家族里最了不起的人物名叫豪伊拉（有时叫塔库伊拉)，但是在他戎马生活的晚年，这个帝国已经衰落。他死后，一个艾马拉族的部落起来反抗伊拉斯族，弄得他们的文明支离破碎，衰败不堪。
在很长的时间里没有出现新的领袖。后来一旦出现，那就是众所周知的卡帕斯王室。这个王室最著名的国王，在马尔库卡帕克之前是马库里。他们的传奇英雄是芒科卡帕克，就是这个人注定要成为印加帝国的创业鼻祖。印加有这样一个传说，太阳神怜悯从的的喀喀湖来的移民，吩咐他的儿子芒科卡帕克和女儿玛玛奥柳把他们带到另外一个有发展前途的地方。神仙和凡人来往接触的题材，在南美洲的神话里是很普遍的，而且占很大的份量。在印加时期，这样的神话常常把宗教教义同历史传统联结在一起。借着太阳神的传说，印加人也可以宣扬他们自己的神圣来历。
根据他们的传说，比拉科查创造了天和地。他用岩石雕刻了许多巨人，这样，大地便有了人口。但是他不喜欢那个种族，于是，又把他们变成岩石。他用泥土捏制了一个新的种族，让他们住在山洞里或湖旁，同时还教他们学农业和艺术，建立新的社会秩序。太阳神的儿女就是来自山洞里的人。他们遵照神旨，带着一根金杖，一直往前走，走到哪里金杖钻入地下不见了，就在那里停下来。这个奇迹发生在库斯科附近，他们也就在这里定居了。芒科卡帕克教随行的男人学农事，玛玛奥柳教妇女学纺织。
关于印加人的来历，还有另外一个故事。许多早期的西班牙编年史学家曾经记述过，不过只是彼此重复而已。普雷斯科特在其《秘鲁的征服》一书中简要地提到：“从的的喀喀湖岸来了一些白色皮肤、满脸胡须的人(可能指马尔库卡卡帕拉王室)，他们在土著人中取得优势，并赐给他们文明和幸福。”普雷斯科特在书里还提醒读者注意,这个传说同阿兹台克传说有相似之处。后者说，奎查尔柯脱尔也是个善良的神，它完成了同样的使命。普雷斯科特指出，两个传说如此相似特别令人注目，因为在两个帝国之间并没有过来往接触。
印加人力图让那些被他们征服了的民族相信，芒科卡帕克和他的妹妻是在公元年左右出现在高原上的。就象普雷斯科特所写的那样，果真如此的话，“那就同他们以后的历史显然不相符合了。”没有任何记载说明，在西班牙征服以前，印加王朝的王子曾经多于十三代。如果说前后有十三个国王，那只能把这个王国的建立时间提早两个半世纪。在这样一个古老的年代建国，并不是不可信的，并且还应该指出，这个年代是在阿兹台克人在墨西哥建都后五十年之内的年代。