顶上战争是《海贼王》史上最宏大战争，几乎所有的重要人物多出场了，最终，艾斯与白胡子被杀，海军表明上赢下战争。如此多的角色出场，也留下了很多谜团。老沙与明哥的对话是谜，黑胡子主动示弱也是谜。多年过去了，这些谜题都被解开了，老沙和巴基真是隐藏太深了。
谜题一：卡普能否杀掉赤犬
卡普要杀赤犬艾斯被杀后，卡普彻底愤怒了，扬言要杀掉赤犬。结果战国把卡普按在地上，阻止了他与赤犬的对战。因此出现了一个谜题，卡普能否杀掉赤犬，毕竟卡普只是中将，赤犬是大将，而且对战了白胡子，一个人单挑白胡子残部，实力也是不弱的。
卡普能杀掉赤犬在“世界会议”篇，大妈与凯多通话，牵出了大海贼洛克斯。罗杰的时代，大海由洛克斯统治，船员都是四皇级别。如此强大的海贼团，却被卡普打败了，“海军英雄”的称号也因此而来。这样来看，卡普要杀掉赤犬，实力还是足够的。
谜题二：巴基是否隐藏实力
巴基隐藏太深巴基的赏金只有万，他的经历却很不简单。在罗杰船上当实习生，拒绝过香克斯邀请，雷利与白胡子都对他很在意。隐藏有海迷觉得，巴基是真正的大神，隐藏实力。在顶上战争，黄猿攻击巴基，却被他无意间躲开了，要知道，黄猿有打断钥匙的准度，却没打中巴基。
巴基实力强悍在两年后，巴基当上了七武海，也被称为“巴基大神”，逐渐展现了真正实力。在最新的剧场版中，巴基也再度出场，对抗罗杰的船员一点不害怕。这也说明了一点，巴基在顶上战争确实隐藏了实力。只能说海迷太单纯，被深藏不露的巴基骗了。
谜题三：老沙与明哥的羁绊
明哥与老沙在顶上战争时，明哥与老沙碰面。明哥邀请对方加入，却被老沙无情拒绝了。明哥说了，自己又被老沙甩了。因此出现了一个谜题，老沙与明哥到底有什么关系？明哥说吃老沙的醋，难道真如海迷猜测的那样，老沙是一位女性吗？
老沙生命卡从老沙的生命卡来看，他并不是女性，而且与明哥的羁绊也解开了。老沙在阿拉巴斯坦盘踞，目的是得到古代兵器冥王。明哥也有当海贼王的野心，自然想得到古代兵器冥王。应该是明哥请求与老沙合作，被老沙拒绝了，才有了顶上战争的那段对话。
谜题四：黑胡子怕了红发
黑胡子怕红发黑胡子无疑是顶上战争最大的受益人，得到了伙伴，也得到了震震果实。黑胡子也很放肆，扬言要毁掉海军基地，甚至单挑了元帅战国。可是在红发登场后，黑胡子主动退出了，因此有人说，他怕了红发。黑胡子很久前就打伤过红发，是否害怕红发，也成了一个谜题。
黑胡子不怕红发在两年后，巴沙斯误入革命军基地，黑胡子全员出动，逼迫龙放弃了基地。黑胡子敢这样做，显然是没有害怕龙，以及革命军的众干部。这表明了，黑胡子的实力很强了，面对龙不害怕，面对红发自然也不害怕。顶上战争黑胡子主动退了，并不是害怕红发，应该有其他目的。